有效，补充协议是买卖双方在使用《商品房买卖合同》范本签约时，对双方各自关心的条款内容进行修改或增加，以明确双方权利义务的条款或协议。现在市场交易中二手房合同补充条款多为双方协商的自拟格式，商品房出售合同的补充条款多为开发商拟订的格式条款，但条款是可以调整的，不过要注意：
(一)辨别文字游戏，以免开发商推脱责任。例如，合同约定了违约金比例但补充协议里开发商有约定不超过某个比例，这样违约过了一定时间实际就不用支付违约金了。
(二)警惕开发商利用补充协议转嫁风险。例如合同里对延期交付作了规定，但补充协议里开发商约定遇到异常困难不能按时交付不属于违约，这种异常困难是什么，容易扯皮。
(三)注意优先效力，避免纠纷。仔细看补充协议的效力，防止开发商约定合同效力优先，那么有利于购房者的补充协议就形同虚设了。
二、二手房买卖以下步骤要了解清楚：
1、了解房屋情况。买方了解房屋整体现状及产权状况，要求卖方提供合法的证件，包括房屋所有权证书、身份证件及其它证件。
2、查档：买卖双方持房产证原件或按揭合同原价到档案大厦国土部门查房档案; 3、签合同：如卖方提供的房屋合法，可以交易，买方可以交纳购房定金(但不是商品房买卖的必经程序)。买卖双方通过协商，对房屋坐落位置、产权状况及成交价格、房屋交付时间、房屋交付、产权办理等达成一致意见后，双方签订至少一式三份的房屋买卖合同。
4、申请过户。买卖双方共同向房地产交易管理部门提出申请，管理部门要查验有关证件，审查产权，对符合上市条件的房屋准予办理过户手续。如果存在无产权或部分产权未得到其他产权共有人书面同意的情况，则拒绝申请。
5、立契。房地产交易管理部门审核批准后，交易双方才能办理立契手续。
6、缴纳税费。税费的构成比较复杂，要根据交易房屋的性质而定。比如房改房、经济适用房与其它商品房的税费构成是不一样的。
7、办理产权转移过户手续。交易双方在房地产交易管理部门办理完产权变更登记后，买方凭领取房屋所有权证通知单到发证部门申领新的产权证。
8、买方付清所有房款领取房屋所有权证，卖方交付房屋并结清物业费。
在房屋买卖补充协议当中具体要约定的内容和条款没有任何的参考性，这是取决于双方当事人当时的实际情况的，比如有些人是因为第一次没有约定清楚违约责任，税费的承担和房子的过户等，这些都需要在后续的补充协议中详细的约定清楚，而且任何补充的条款都必须是双方协商一致的。
