一、解决村民委员会和征地政府之间因为征地补偿款标准、补偿方式、补偿安置而引发的纠纷
对于这一类纠纷的解决，即村民委员会和征地政府之间因为征地补偿款标准、补偿方式、补偿安置而引发的纠纷，目前在实践中的处理方式多种多样，各地的救济方式也不尽相同，主要分为行政救济和司法救济两种。
1、行政救济。根据1998年国务院颁布的《土地管理法实施条例》第二十五条第三款的规定：“对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调；协调不成的，由批准征用土地的人民政府裁决。”该规定确立了征地补偿安置争议裁决制度，但是并没有规定必要的裁决程序，国土资源部发文要求各省在2006年底前必须制定《征地补偿安置争议裁决办法》，但是，截至2007年5月底，全国只有湖南、安徽、重庆、甘肃、河南、浙江、天津、江苏正式出台了《裁决办法》，其他省份仍然没有可供裁决的程序性规范。
2、司法救济。根据我国《行政复议法》第六条第六项的规定：“认为行政机关变更或者废止农业承包合同，侵犯其合法权益的，公民、法人或者其他组织可以依照本法提起行政复议。”另外《农村土地承包法》也对司法救济作出规定，其中第十六条第一款第(二)项规定：“承包地被依法征用、占用的，承包方有权依法获得相应的补偿。该项规定明确了取得相应补偿是承包户的一项民事权利。承包户的权利受到侵害，有权要求法院保护，人民法院应当受理。”第五十三条规定：“任何组织和个人侵害承包方的土地承包经营权的，应当承担民事责任。”第五十六条规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行义务不符合约定的，应当依照《中华人民共和国合同法》的规定承担违约责任。”
二、解决由于征地补偿款的分发而引起的农民和村委会之间的纠纷
对于这一类矛盾，2002年8月19日，最高人民法院立案庭曾作出(2002)民立他字第4号批复，土地征用补偿费包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费的情况，分别规定：
1、农民因土地补偿费与集体经济组织发生纠纷，不属平等主体之间的法律关系，不属人民法院的受理范围，应由有关行政部门协调解决；
2、需要安置的人员由农村集体组织安置的，安置补助费支付给农村集体组织，由农村集体组织管理和使用，因此发生的争议也不属于法院受案范围；
3、对不需要农村集体组织安置的人员，安置补偿费应当直接付给有关人员，因此发生的纠纷属于平等主体之间的争议，法院应作为民事案件受理；
4、地上附着物和青苗所有者因该项补偿费与集体经济组织发生的争议，也属于人民法院受案范围。
根据上文介绍，农村征地补偿协议纠纷民事主要被分为两类，根据两种由于不同原因的引起的征地补偿纠纷民事，法律上也做出了相关的规定，规定了两种不同的救济方式以及补助费发放的对象，在和谐解决征地补偿引起的民事纠纷的过程中起到了重要作用。
