首先，员工追讨12年的加班费时需考虑诉讼时效。通常劳动争议申请仲裁的时效期间是一年，从当事人知晓或应当知晓其权利被侵害之日起开始计算。然而，在劳动关系存续期间，若因拖欠劳动报酬而产生争议，劳动者申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制。但当劳动关系终止时，应自劳动关系终止之日起一年内提出申请。
若员工能有充足证据证明加班事实存在，像考勤记录、加班审批文件等，单位就应依法予以支付。单位可先自行核对员工的加班情况以及其诉求是否合理。倘若双方无法协商一致，就可能会进入劳动仲裁乃至诉讼程序。在这个过程中，单位可以对超过时效的部分提出抗辩等。
二、员工追讨高额加班费有哪些法律依据
员工追讨高额加班费主要有以下法律依据：
《中华人民共和国劳动法》规定，用人单位安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬。
《中华人民共和国劳动合同法》明确，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
《工资支付暂行规定》指出，用人单位在劳动者完成劳动定额或规定的工作任务后，根据实际需要安排劳动者在法定标准工作时间以外工作的，应按相应标准支付工资。
员工需留存好加班证据，如考勤记录、加班通知、工作成果等，通过协商、劳动仲裁或诉讼等途径维护自身权益。
三、员工追讨加班费需满足哪些法律条件
员工追讨加班费需满足以下法律条件：
首先，需证明存在加班事实。这可通过考勤记录、加班审批表、工作邮件、聊天记录等证据来证实，能表明员工在正常工作时间之外额外提供了劳动。
其次，要明确劳动合同或单位规章制度对加班及加班费计算标准有明确规定。若合同约定按某标准计算加班费，或单位制度有相应规范，则依此执行。
再者，要在法定时效内主张权利。劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。若在职期间追讨加班费，一般不受一年时效限制，但离职的，应在离职一年内提出。满足上述条件，员工追讨加班费才有坚实的法律基础。
当探讨员工追讨12年加班费51万怎么处理时，这背后还有一些相关要点值得关注。比如，证据的收集与有效性极为关键，员工需提供考勤记录、加班通知等有力证据来支撑诉求。而且，劳动仲裁时效问题也不容忽视，在时效范围内合理维权才能获得支持。同时，企业也可能面临举证责任倒置的情况，要证明员工不存在加班事实或已支付相应加班费。倘若你在处理员工追讨加班费这类事件中，对证据标准、时效规定、责任划分等方面存在疑问，赶紧点击网页底部的“立即咨询”按钮，专业法律人士将为您详细解答。
