在签署保密协议后，员工不能擅自离职。
作为劳动者，须依照法定流程提交辞呈，且在保密期限内还需坚守自身保密职责。
若处于试用期内，则要求劳动者提前三个工作日向雇佣企业表示终止劳务关系;
而过了试用期，则应于事前三十天以书面形式向用人单位提出解除劳动合同的请求。
《劳动合同法》第三十七条
劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
二、签订保密协议需要支付保密费吗
由于我国现有的法律体系尚未对签署保密协议中所涉及的保密费用支出问题进行明确规定，因此，关于签订保密协议时用人单位是否有义务向劳动者支付保密费用的问题，应由双方在保密协议中进行具体约定。虽然现行法未对此强制予以规范，但这并不意味着签订保密协议后，用人单位就必然要承担向劳动者支付保密费用的义务，用人单位是否需要为保密协议的签署向员工付费，仍然取决于协议双方的自由协商和共同约定。
《劳动合同法》第二十二条
用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。
