个人所得税中的专项扣除并非用来直接扣减薪资。在实际算出年度总合所得应纳的税金金额时，除了通常的起征点5000元与社保和公积金等专项扣除之外，还有诸如子女教育、继续教育产生的相关支出、重大疾病医疗、住房贷款所支付的利息或者是用于居住所付的房租费用，以及对父母的赡养等专项附加扣除的6个项目可供额外扣除。
《个人所得税专项附加扣除暂行办法》
第二条本办法所称个人所得税专项附加扣除，是指个人所得税法规定的子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等6项专项附加扣除。
第三条个人所得税专项附加扣除遵循公平合理、利于民生、简便易行的原则。
二、专项扣除是要扣工资吗
专项扣除并非直接从税前薪资中扣减。专项附加扣除项目的创设，归根到底是在"基本减除费用标准定为每月5000元+五项社会保险法定免征额+依法确立的其他必要扣除项目"的基石之上，进一步给予境内居民个人额外的免税额空间。换言之，月入人士将其所得先扣除各项社会保险费用，而后再扣减这些专项扣除费用后，剩余部分才用于支付税金。专项扣除费用的主要源泉包括子女教育费用开支、继续学习培训的费用投入、重大疾病治疗的医疗开销、房屋抵押贷款产生的利息、租房费用以及赡养长辈所需承担的经济负担等。
《中华人民共和国个人所得税法》第六条
应纳税所得额的计算：
（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
（三）经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
（四）财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
（五）财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
（六）利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。
劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得以收入减除百分之二十的费用后的余额为收入额。稿酬所得的收入额减按百分之七十计算。
个人将其所得对教育、扶贫、济困等公益慈善事业进行捐赠，捐赠额未超过纳税人申报的应纳税所得额百分之三十的部分，可以从其应纳税所得额中扣除；国务院规定对公益慈善事业捐赠实行全额税前扣除的，从其规定。
本条第一款第一项规定的专项扣除，包括居民个人按照国家规定的范围和标准缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等；专项附加扣除，包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等支出，具体范围、标准和实施步骤由国务院确定，并报全国人民代表大会常务委员会备案。
在个人所得税的税务计算中，专项扣除并非以直接减少员工薪资为目的进行实施。在对全年总收入应缴纳税款进行核算的过程中，除了设立了5000元的起征点，允许从工资收入中予以抵扣之外，还包括了社会保险费以及住房公积金等相关费用的扣除项目。此外，还特别设置了六个专项附加扣除项目，分别是子女教育支出、继续教育支出、重大疾病医疗费用、住房贷款利息或者房租费用、以及赡养老人的相关开支。
