在机动车与非机动车发生交通事故并分别认定为主次责任的情况下，赔偿比例应以主要责任方承担60%至90%，次要责任方承担40%至10%为原则。
根据相关法律条文，交通事故责任认定的基准是依据各方当事人在引发事故过程中的行为体现及过错程度所进行的合理评估。
《道路交通安全法》第七十六条
机动车发生交通事故造成人身伤亡、财产损失的，由保险公司在机动车第三者责任强制保险责任限额范围内予以赔偿；
不足的部分，按照下列规定承担赔偿责任：
（一）机动车之间发生交通事故的，由有过错的一方承担赔偿责任；
双方都有过错的，按照各自过错的比例分担责任。
（二）机动车与非机动车驾驶人、行人之间发生交通事故，非机动车驾驶人、行人没有过错的，由机动车一方承担赔偿责任；
有证据证明非机动车驾驶人、行人有过错的，根据过错程度适当减轻机动车一方的赔偿责任；
机动车一方没有过错的，承担不超过百分之十的赔偿责任。
交通事故的损失是由非机动车驾驶人、行人故意碰撞机动车造成的，机动车一方不承担赔偿责任。
二、非机动车和机动车相撞同等责任赔偿
在机动车与非机动车发生碰撞导致同等责任的情况下，双方应对赔偿费用平均分摊负担。公安机关交通管理部门将依据各方当事人在道路交通事故中所呈现的行为的效果、作用以及其过错的严重程度来确定当事人应当承担的责任比例。
《道路交通事故处理程序规定》第六十条
公安机关交通管理部门应当根据当事人的行为对发生道路交通事故所起的作用以及过错的严重程度，确定当事人的责任。
（一）因一方当事人的过错导致道路交通事故的，承担全部责任；
（二）因两方或者两方以上当事人的过错发生道路交通事故的，根据其行为对事故发生的作用以及过错的严重程度，分别承担主要责任、同等责任和次要责任；
（三）各方均无导致道路交通事故的过错，属于交通意外事故的，各方均无责任。
一方当事人故意造成道路交通事故的，他方无责任。
在机动车与非机动车驾驶人之间产生交通事故并被依法判定起因划分主责任人及次责任人之时，对于赔偿比例的界定通常会遵循以下准则：即主要责任方承担60%-90%的赔付义务，而次要责任方则需负责40%-10%的赔偿份额。这一制度乃是源自于我国相关法律法规的明确规定，而其背后的法理解释则基于事故发生过程中所涉各当事人的行为举止与过失程度进行考量。借助此类严谨评估方式，我们得以确保责任分摊的公平与合理，进而有效维护各方当事人的合法利益，进一步推动道路交通环境的安全稳定以及人车关系的和谐发展。
