妨碍公务罪将被留有案底，原因在于此项罪行性质严重，罪名归类于刑事犯罪范畴。对于任何涉及刑事犯罪的案件，犯罪者的个人档案材料都会被保存在司法机关中的专门档案室中。这些记录还会被分别录入公检法三部门的相关信息系统之中。
值得注意的是，人民检察院对于刑事诉讼相关的档案，必须进行最少长达30年的妥善保管。
《中华人民共和国刑法》第二百七十七条
以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。
以暴力、威胁方法阻碍全国人民代表大会和地方各级人民代表大会代表依法执行代表职务的，依照前款的规定处罚。
二、妨害公务罪的诉讼主体
在我国，妨害公务罪的行为人可以是一般的自然人，而并非仅限于国家机关工作人员。只要该主体满足了刑事责任年龄及具有相应的刑事责任能力这两个前提条件，就有资格成立这种犯罪。因此，我们应当认识到，并不是只有身处国家机关职务地位之人才能构成此种犯罪，也并非只有公务员才能涉足这个领域。凡是达到法定刑事责任年龄，且具备刑事责任能力的合法公民，都可能成为妨害公务罪的遇难者或加害人。
《刑法》第二百七十七条
【妨害公务罪】以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。
以暴力、威胁方法阻碍全国人民代表大会和地方各级人民代表大会代表依法执行代表职务的，依照前款的规定处罚。
在自然灾害和突发事件中，以暴力、威胁方法阻碍红十字会工作人员依法履行职责的，依照第一款的规定处罚。
故意阻碍国家安全机关、公安机关依法执行国家安全工作任务，未使用暴力、威胁方法，造成严重后果的，依照第一款的规定处罚。
【袭警罪】暴力袭击正在依法执行职务的人民警察的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制；使用枪支、管制刀具，或者以驾驶机动车撞击等手段，严重危及其人身安全的，处三年以上七年以下有期徒刑。
在我国刑事法律规范中，妨害公务罪被视为严重犯罪行为之一，涉及此类行为的犯罪人员将会留有案底。由于该项罪行的性质极其恶劣，犯罪行径被记录和保留在了司法机构专门设立的档案室内，并进行了公、检、法三个部门之间的系统性录入。同时，检察机关需要对这些刑事案件诉讼档案进行最少长达30年的严密保存。也就是说，一旦涉及到这样的犯罪活动，相关的犯罪记录将会长期保持且无法消除，给当事人带来持久而深远的不良影响。
