对其违法行为所采取的惩治措施包括处以罚金、依法没收其非法所得以及撤销许可证书等。
根据相关法律法规，若未获取相应的道路运输经营许可证而擅自进行道路运输经营活动，则应由县级及以上的道路运输管理部门勒令立即停止该项经营活动；
对于已经产生的违法所得，将依法予以没收；
同时，还需处以违法所得两倍以上但不超过十倍的罚款。
《道路运输条例》第六十三条
违反本条例的规定，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
二、治安管理处罚程序是
1、传唤措施。
若涉及到违反了相关治安管理原则，公安机关采用《传唤证》作为必要的合法手段进行传唤讯问。
2、听证会机制。
对于针对个人的罚款数额超过人民币2000元;
而针对法人或者其他社会组织的罚款则超过人民币10000元;
以及采取暂扣或者吊销相关证照等严厉处罚行为时，在实际施法之前，必须先告知被处罚者有权提出听证请求的法定权益;
当被处罚者申请听证时，公安机关是必须负责组织并开展听证活动。
3、事先通知原则。
在做出实际处罚决定之前，公安机关应该先行告知被处罚者做出这些决定的客观事实依据、具体原因以及法律规范依据，同时让他们了解自己在该过程中所具备的各种法定权益。
4、明确裁定流程。
裁决必须按照《裁决书》所规定的格式进行详细记录和填写，而且裁决书要立即向被处罚者公布宣读。
5、执行结果追踪。
完成所有步骤手续之后，最终的执行效果必须得到严格跟踪和确认，确保被处罚者按照相关规定全面履行法律义务。
《治安管理处罚法》第八十二条
需要传唤违反治安管理行为人接受调查的，经公安机关办案部门负责人批准，使用传唤证传唤。对现场发现的违反治安管理行为人，人民警察经出示工作证件，可以口头传唤，但应当在询问笔录中注明。公安机关应当将传唤的原因和依据告知被传唤人。对无正当理由不接受传唤或者逃避传唤的人，可以强制传唤。
法律是一种普遍的约束，它既保护我们的权益，也规范我们的行为。我们每个人都应该充分了解和理解法律，以便更好地保护自己的权益，更好地生活在这个法治社会中。正如本文的标题所提出的问题，“治安管理处罚法非法运输的处罚方式有哪些”，法律的学习和理解是一项长期的任务，需要我们不断地努力和探索。我们应该珍视这个过程，把它看作是一次自我提升的机会，以便更好地适应社会的发展和变化。
