1、首先要考虑和拆迁方进行协商处理，因为协商的方式相对来说更加简单便捷，对于拆迁双方的时间也可以更大限度的节省。同时，要注意的是，在进行协商之前，被拆迁方应当对于自身遇到的问题以及相关规定进行充足的了解，以保证自身在协商时有足够的理由。
2、如果协商不成，可能就需要通过法律渠道来进行解决。
房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。
补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。
被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。
二、房子产权纠纷拆迁怎么办
对于产权不明的被征收房屋作出补偿决定，是行政法规赋予政府的一项法定职责，其不能也无权拒绝，不能因为被征收主体不明确，就降低或不对被征收房屋进行补偿。
因为在公益征收过程中，按照国家逻辑和行政管理规律运作，是否征收、补偿标准如何都因征收的公益性而具有一定的行政强制执行力。这就意味着哪怕对补偿对象有争议，政府也必须依法作出补偿决定，而不能因被征收物产权不明而影响整个征收工作的进程。根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十六条规定，对于产权不明的房屋，也应该严格按照征收补偿方案的要求作出补偿安置。
房屋征收部门或者其委托的房屋征收实施单位是房屋征收具体工作的实施者，其应当对房屋征收范围内的房屋的权属组织调查登记，在调查登记后发现特定房屋属于所有权不明状态的，应当将上述情况报告做出房屋征收决定的市、县级人民政府，房屋管理部门作出征收补偿安置方案。
根据《国有土地上房屋征收与补偿条
例》第二条
规定，为了公共利益的需要，征收国有土地上单位、个人的房屋，应当对被征收房屋所有权人（被征收人）给予公平补偿。
第二十六条
规定，被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条
例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。
政府部门为了公共利益的需要，有权对产权不明的房屋依法作出征收决定，但应依法作出补偿安置。
三、拆迁户不同意拆迁怎么办
1、拆迁办应当与不同意拆迁的拆迁户进行沟通，了解其不同意拆迁的原因，根据原因解决问题;
2、拆迁户不愿意拆迁，影响了公共利益的急切需求，拆迁办可以强制拆迁，强制拆迁必须对被拆迁人进行补偿;
3、被拆迁人不服强制拆迁行为的，可以通过行政复议或行政诉讼方式，维护自身权益。
房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。
《国有土地上房屋征收与补偿条
例》第二十七条
规定实施房屋征收应当先补偿、后搬迁。
作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予补偿后，被征收人应当在补偿协议约定或者补偿决定确定的搬迁期限内完成搬迁。
任何单位和个人不得采取暴力、威胁或者违反规定中断供水、供热、供气、供电和道路通行等非法方式迫使被征收人搬迁。禁止建设单位参与搬迁活动。
第二十八条
规定被征收人在法定期限内不申请行政复议或者不提起行政诉讼，在补偿决定规定的期限内又不搬迁的，由作出房屋征收决定的市、县级人民政府依法申请人民法院强制执行。
强制执行申请书应当附具补偿金额和专户存储账号、产权调换房屋和周转用房的地点和面积等材料。
通过上述文章中的内容，相信大家已经对村居改造拆迁协议纠纷怎么办问题有了一定的了解，建议大家可以多多了解一些这方面相关的法律知识，才可以在遇到法律问题的时候可以运用法律的武器来保护自己的合法权益。针对上述文章中的问题，如果您还有不清楚需要了解的地方，可以直接点击下方“立即咨询”按钮和律师进行在线沟通。
