患者一方认为是医疗事故，但医疗机构否认，在这种情况下，患者一方要经过冷静、理智的调查研究或者咨询、论证后，可以直接向人民法院起诉。
我国法律确定的医疗事故处理的体制是双轨制，即可以通过卫生行政部门移交医学会进入鉴定程序，鉴定报告作出后再行起诉；
也可以直接向人民法院提起诉讼，经人民法院简单审理后再委托医学会鉴定。
如果人民法院审理后认为不是医疗事故赔偿纠纷，还可以告诉当事人按其他医疗侵权诉讼。人民法院认为是医疗事故纠纷的，直接委托当地医学会鉴定。
《医疗事故处理条例》第四十条
当事人既向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请，又向人民法院提起诉讼的，卫生行政部门不予受理；卫生行政部门已经受理的，应当终止处理。
二、医疗事故多久可以起诉
医疗事故只要在三年的诉讼时效期间内就可以起诉。向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。当事人向人民法院提起诉讼的，不得再向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请。
《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
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