建设工程施工合同无效结算工程款的方式是，建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人；建设工程经验收不合格的，修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用；修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。法律其他规定等。
《民法典》第七百九十三条
建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。
建设工程施工合同无效，且建设工程经验收不合格的，按照以下情形处理：
（一）修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用；
（二）修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。
发包人对因建设工程不合格造成的损失有过错的，应当承担相应的责任。
二、建设工程未结算诉讼时效怎样起算
建设工程未进行结算的，诉讼时效从施工单位知道权利被侵犯时开始计算，诉讼时效是三年。
但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
三、建设工程施工合同无效的情形包括哪些
建设工程施工合同无效的情形包括以下内容：
1.承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的;
2.没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的;
3.建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的。
6.合同的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
《民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
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