非法经营员工的工资可以认定为赃款。根据《刑事诉讼法》规定，司法机关对查封、扣押、冻结的赃款赃物及其孳息，除依法返还被害人的以外，一律上缴国库。
《刑事诉讼法》第二百四十五条
公安机关、人民检察院和人民法院对查封、扣押、冻结的犯罪嫌疑人、被告人的财物及其孳息，应当妥善保管，以供核查，并制作清单，随案移送。任何单位和个人不得挪用或者自行处理。对被害人的合法财产，应当及时返还。对违禁品或者不宜长期保存的物品，应当依照国家有关规定处理。
对作为证据使用的实物应当随案移送，对不宜移送的，应当将其清单、照片或者其他证明文件随案移送。
人民法院作出的判决，应当对查封、扣押、冻结的财物及其孳息作出处理。
人民法院作出的判决生效以后，有关机关应当根据判决对查封、扣押、冻结的财物及其孳息进行处理。对查封、扣押、冻结的赃款赃物及其孳息，除依法返还被害人的以外，一律上缴国库。
二、员工工资算管理费用吗
员工工资不一定都计入管理费用科目。要根据部门不同来划分，例如销售部门的工资计入销售费用科目；行政部门的工资计入管理费用科目；车间部门的工资计入制造费用科目等。
《中华人民共和国会计法》第十条
下列经济业务事项，应当办理会计手续，进行会计核算：
（一）款项和有价证券的收付；
（二）财物的收发、增减和使用；
（三）债权债务的发生和结算；
（四）资本、基金的增减；
（五）收入、支出、费用、成本的计算；
（六）财务成果的计算和处理；
（七）需要办理会计手续、进行会计核算的其他事项。
员工挪用公款，未构成犯罪的可以扣工资，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%；构成犯罪的，不需要扣工资，员工除依法承担刑事责任外，用人单位可以单方面解除劳动合同并且要求员工赔偿损失。
《工资支付暂行规定》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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