被违法扣工资的，员工可以单方离职。根据规定，用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的;
(二)未及时足额支付劳动报酬的;
(三)未依法为劳动者缴纳社会保险费的;
(四)用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的;
(五)因法定情形致使劳动合同无效的;
(六)法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。
加班工资也属于员工的个人工资所得，如果公司有正当理由，比如代扣个人所得税或者扣除了员工要缴纳的那部分社保费用，这种情况下公司的行为完全是合法的。对于公司无正当理由扣工资的行为，员工也可以先和公司协商处理，但不能漠视公司的违法行为。
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