1、从证据的“合法性”来审查，主要审查证据是如何形成的、是由谁提供或收集的，收集的方法是否正确，证据的形成与收集是否受到主客观因素的影响。具体地说就是要审查有关人员是否出于不良动机，提供虚假的证据;有关人员是否因认识上、表达上等原因，提供了不实的陈述;侦查人员收取证据的手段是否正确、合法，固定保管证据的方法是否科学等。
2、从证据的“客观性”来审查，就是要审查判断证据所反映的事实与待证的案件事实是否存在着客观的内在联系，有什么样的联系，能证明案件中的什么问题，内容本身是否合理，有无矛盾，即证据的内容是否客观真实。
3、从案件各种证据的“关联性”来审查，对同一的证据，要审查其所反映的内容前后是否一致，有无矛盾。如当事人就同一事实做过几次陈述、证人在几次询问中就相同的问题提供的证言，应当对他们前后所做的陈述、提供的证言联系起来进行分析研究，看其所反映的内容前后是否一致，有无矛盾，如有矛盾，就不能轻易采信，而应查明矛盾出现的原因。
在审查起诉阶段，发现了新的罪行，检察院应当制作补充侦查提案，并退回公安机关补充侦查，如果证据充分，检察院可自行侦查，并且可以联合公安机关一起侦查。新罪行的定罪依据是证据的有效性，在犯罪事实清楚的情况下，可以重新定罪。
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