(一)本罪与非罪的界限
对包庇毒品犯罪分子的犯罪应综合全案各种情况，如果被包庇的毒品犯罪分子所进行的毒品犯罪情节轻微，毒品数量很小，受刑罚处罚较轻，或不需要追究刑事责任，而且包庇毒品犯罪分子的主观恶性也比较小，那么包庇行为本身社会危害性就小，一般不作为犯罪处罚。在实践中要注意正确区分本罪与知情不举行为的界限。
“知情不举”是指明知是毒品犯罪分子，而不向司法机关检举揭发，也没有向司法机关作虚假证明，对犯罪分子也不提供积极帮助，表现为消极不作为，这种消极不作为，由于我国法律没有规定知情不举罪，因此不构成包庇毒品犯罪分子罪。
(二)本罪与包庇罪的界限
二者的主要区别在于包庇的对象不同，前者包庇的对象，必须是走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪分子，而后者所包庇的对象，则是除上述犯罪以外的刑事犯罪分子。
包庇毒品犯罪分子罪的包庇对象必须是已实施了《刑法》规定的走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪行为应当追究刑事责任的犯罪分子。即包括尚未被司法机关发觉的犯罪分子和作案后潜逃尚未抓获归案的犯罪分子，也包括脱逃的未决犯和已决犯。至于毒品犯罪分子所犯的具体罪名以及判处何种刑罚，则不影响本罪的成立。
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