雇员违反保密协议很可能同时侵犯了用人单位的商业秘密，给用人单位造成了实际损失。
因此，用人单位可以要求雇员承担违反保密协议约定的违约责任，如果保密协议中约定了违约金，则用人单位可以要求违约的雇员支付违约金。
如果违约金畸高或者畸低，双方可以要求适当降低或提高。
用人单位也可以选择要求雇员承担赔偿损失的侵权责任。
但违约责任与侵权责任不能同时适用，用人单位只能从中选择一种。
2、行政责任根据《反不正当竞争法》的规定，工商行政管理机关有权依法责令停止违法行为，并可以根据情节处以一万元以上，二十万元以下的罚款。
同时工商管理机关还可以责令侵权人将载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料返还权利人或销毁。
3、担刑事责任根据《刑法》的有关规定，如有以下行为，并且给商业秘密的权利人造成重大损失的，处3年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金，造成特别严重后果的，除3年以上7年以下有期徒刑，并处罚金。
通过上述分析知道，依据《劳动争议案件适用法律若干问题的解释（四）》的规定，用人单位违反保密协议的约定，保密协议有约定的，可要求用人单位按约定支付经济补偿，没有约定的，按劳动者工资30%支付。
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