1、本罪与事前有通谋的共同犯罪
窝藏、包庇行为是在被窝藏、包庇的人犯罪后实施的，其犯罪故意也是在他人犯罪后产生的，即只有在与犯罪人没有事前通谋的情况下，实施窝藏、包庇行为的，才成立本罪。如果行为人事前与犯罪人通谋，商定待犯罪人实行犯罪后予以窝藏、包庇的，则成立共同犯罪。因此，《刑法》第310条第2款规定，犯窝藏、包庇罪，事前通谋的，以共同犯罪论处。在这种情况下，即使共同犯罪所犯之罪的法定刑低于窝藏、包庇罪的法定刑，也应以共同犯罪论处。
2、本罪与伪证罪的界限
伪证罪中的故意作虚假证明为犯罪人隐匿罪证的行为，与窝藏、包庇罪有相似之处。二者的主要区别在于：
(1)本罪为一般主体;而伪证罪是特殊主体，只限于证人、鉴定人、记录人与翻译人。
(2)本罪发生的时间没有限制;而伪证罪必须发生在刑事诉讼中。
(3)本罪是通过使犯罪人逃匿或者采取其他庇护方法，使其逃避刑事制裁;伪证罪掩盖的是和案件有重要关系的犯罪情节。
(4)窝藏、包庇的对象既可以是未决犯，也可以是已决犯;而伪证罪所包庇的对象只能是未决犯。
3、本罪与帮助毁灭、伪造证据罪的界限
1979年刑法没有规定帮助毁灭、伪造证据罪，故以往的刑法理论认为，消灭罪迹与毁灭罪证的行为构成包庇罪。本法增设了帮助毁灭、伪造证据罪之后，也有人认为包庇罪包括帮助湮灭罪迹和毁灭罪证的行为。
冒名顶替他人不一定就构成犯罪，若顶替的事情并不违法，那么充其量也就是侵犯了他人的姓名权。而在刑事诉讼过程中，若是冒名顶替犯罪分子的话，则可能涉嫌构成包庇罪。《刑法》中规定，犯包庇罪的，一般是处三年以下有期徒刑、拘役或者管制;若是情节严重的话，则处三年以上十年以下有期徒刑。犯前款罪，事前通谋的，以共同犯罪论处。
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