擅自出卖军队房地产罪与非法转让、倒卖土地使用权罪和非法低价出让国有土地使用权罪这三种犯罪的对象都涉及到房地产，在定罪上可能发生混淆，应注意正确区分其界限。其主要区别是：
1、犯罪侵害的客体不同。擅自出卖、转让军队房地产罪侵害的是军队房地产的管理秩序，非法转让、倒卖土地使用权罪侵害的是国有土地管理秩序，非法低价出让国有土地使用权罪侵害的是国有土地管理秩序。本罪在主观方面表现为故意，即对于违反规定，擅自出卖、转让房地产的行为，行为人是故意实施的。明知军队房地产出卖、转让必须经过合法批准，未经批准，擅自出卖、转让，即是故意。
2、犯罪的客观方面不同。擅自出卖、转让军队房地产罪的对象是军队的房地产，表现为出卖、转让军队房地产的产权关系，非法转让、倒卖土地使用权罪的对象是一般土地，表现为转让、倒卖这些土地的使用权，非法低价出让国有土地使用权罪的对象是国有土地，表现为将这些国有土地非法低价出让。
3、犯罪主体不同。擅自出卖、转让军队房地产罪的主体是军人，非法转让、倒卖土地使用权罪的主体是一般公民，而非法低价出让国有土地使用权罪的主体是国家机关工作人员。
军队的房地产都是由国家有关机构进行严格管理的，任何人不能擅自进行出卖，尤其是不能够出卖给境外，一旦出卖给境外，那么当事人除了面临有期徒刑之外，基本上也会被附加剥夺政治权利。或者出卖军队房地产换取的不法利益达到了一定的数额，那么也是会判刑的。
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