如果父母双方在离婚时，可以通过平等自愿协商的方式，就抚养费的有关问题达成明确具体的协议，不损害子女的合法利益，是可以被承认的。但值得注意的是，协议必须有利于子女的健康成长，不损害子女的合法权益。为了防止父母双方损害子女利益的发生，婚姻登记机关或人民法院应当认真根据双方的经济状况、能力、子女的需要、当地的生活、教育水平进行审查，如果认为协议不利于子女，就不应准许协议具有效力。
(二)由人民法院判决确定孩子的抚养费。
双方协议不成，或者协议不予准许时，则由人民法院会从保护子女合法权益、有利于子女健康的角度出发做出判决。一般说来，法官们会根据子女的实际需要，比如身体情况、年龄大小等;父母双方的负担能力，比如收入数额等;以及当地的实际生活水平这三方面予以确定。具体会根据情况分为以下两种情况：
1、对于有固定收入的，抚育费一般可按其月总收入的20-30%的比例给付。负担两个以上子女抚育费的，则比例可适当提高，但一般不得超过月总收入的50%。对于工资总额的计算，应当包括基础工资、级别工资、职务工资、工龄工资、津贴、奖金、生活补贴及其他的收入。
综上所述，夫妻离婚有两个孩子的抚养权一般按最有利于子女成长的原则判。即不满两周岁的子女，一般适宜由女方扶养，已满两周岁的，父母双方可协商，协商不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
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