认定本罪应注意区分此罪与彼罪的界限。
吸收客户资金不入账罪中的“牟利”，一般是指谋取用账外客户资金非法拆借、发放贷款所产生的非法收益，如利息、差价等。对于用款人为取得贷款而支付的回扣、手续费等，应根据具体情况分别处理：银行或者其他金融机构用账外客户资金非法拆借、发放贷款，收取的回扣、手续费等，应认定为“牟利”;银行或者其他金融机构的工作人员利用职务上的便利，用账外客户资金非法拆借、发放贷款，收取回扣、手续费等，数额较小的，以“牟利”论处;银行或者其他金融机构的工作人员将用款人支付给单位的回扣、手续费占为己有，数额较大的，以贪污罪或者职务侵占罪定罪处罚;银行或者其他金融机构的工作人员利用职务便利，用账外客户资金非法拆借、发放贷款，索取用款人的财物，或者非法收受其他财物，或者收取回扣、手续费等，数额较大的，以受贿罪或者公司、企业人员受贿罪定罪处罚。
根据规定，实施“吸收客户资金不入账”行为，只有“数额巨大或者造成重大损失”才能构成吸收客户资金不入账罪，否则不构成犯罪。而吸收客户资金不入账罪的资金使用人将资金用于非法用途。尽管其行为是违法行为但是资金使用人金融机构获得利润。
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