两者都是危害国家安全的犯罪，都与境外有联系，但两罪有明显的区别。
(1)犯罪的直接客体不同。投敌叛变罪的直接客体是人民民主专政的政权和社会主义制度，间谍罪的直接客体是狭义上的国家安全，而不是直接指向人民民主专政和社会主义制度。
(2)犯罪客观特征不同。投敌叛变罪是投
降敌人或投奔敌人，进行危害国家安全的活动，这是本罪唯一的表现形式，亦即本罪行为人为之效力的只能是敌人，即敌对势力，包括国内的和国际的。间谍罪的行为内容则包括三种，即参加间谍组织或者接受间谍组织及其代理人的间谍活动任务;为境外机构、组织、人员窃取、刺探、收买、非法提供国家秘密或者情报;为敌人指示轰击目标。可见，间谍罪的行为人为之效力的既可以是敌对国家或势力，也可以不是敌对国家或势力。
(3)犯罪主体不同。投敌叛变罪主体只能是中国公民，间谍罪则也可以是外国人、无国籍人。
(4)犯罪主观方面不同。投敌叛变罪有特定的目的，而间谍罪没有特定的目的。
根据规定，投敌叛变的行为，必须“对国家和人民危害特别严重、情节特别恶劣”，这两个条件同时具备，才“可以”适用死刑。所谓对国家和人民危害特别严重、情节特别恶劣，司法实践中，一般是指因投敌叛变，致使我方人员遭到敌人逮捕、杀害，财产遭受特别严重损失的;带领人数众多的武装部队人员、人民警察、民兵投敌叛变的;携带大量武器、弹药、重要国家机密等投敌叛变的;等等。
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