(一)伪证罪与包庇罪都是故意犯罪，都有帮助犯罪分子掩盖罪行，逃避法律制裁的目的。其区别在于：
1、包庇罪为一般主体，可以是任何一个具备刑事责任能力的人;伪证罪则是特殊主体，限于证人、鉴定人、记录人、翻译人。
2、包庇罪包庇的对象既可以是犯罪后未被羁押、逮捕归案畏罪潜逃的犯罪嫌疑人，也可以是已被依法羁押、拘禁而逃跑出来的未决犯和已决犯;伪证罪包庇的对象只能是刑事诉讼中的未决犯。
3、包庇罪的行为既可以发生在犯罪分子被侦查、审判之前，也可以发生在侦查、起诉、审判中至判决后服刑之中;伪证罪只能发生在刑事诉讼中，即侦查、起诉、审判过程中。
(二)冒名顶替罪案件在客观方面表现为故意作假证包庇犯罪分子，其目的是帮助犯罪分子逃避法律制裁，这类案件只按包庇罪定罪处罚，实际上是不区分犯罪主体，混淆了包庇罪与伪证罪的界限。我们在具体的司法实践中，应该区分这类犯罪的主体，看犯罪主体是否具有证人身份。如果是证人、鉴定人、记录人、翻译人冒名顶替罪，则定伪证罪;如果是一般主体，则定包庇罪。
(三)区分两罪的关键，一是从主体去区分，是否具有证人身份。每个刑事案件的证人是有限的，只限于在刑事诉讼活动前便了解案件情况的人，而不包括不了解案件情况，或者是在诉讼过程中通过诉讼活动才了解案件的人。二是从证明对象区分，证人故意作假证明针对的是与案件有重要关系的情节，也即对案件的处理有重大影响的情节，换言之，对于决定是否构成犯罪、犯什么罪以及量刑轻重有直接关系的情节，即犯罪情节与量刑情节，包括犯罪主体的情况，犯罪主观方面的情况，犯罪客观方面的情况及影响量刑的各种情<
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