(一)本罪与非罪的界限
生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子，只有使生产遭受较大损失的，才构成本罪。如果没有使生产遭受较大损失的，就不构成本罪。另外，行为人生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子，虽没有使生产遭受较大损失的，但销售数额在五万元以上的，应按生产、销售伪劣产品罪定罪处罚。
(二)数额在五万元以上的，依照生产、销售伪劣产品罪的规定处罚
生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子，构成生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子罪，同时又构成生产、销售伪劣产品罪的，依照处罚较重的规定处罚。
(三)本罪与破坏生产经营罪的界限
认定本罪要注意与破坏生产经营罪的区别。其主要是：
(1)本罪一般是出于非法牟利的目的，后罪则是出于泄愤报复或者其他个人目的;
(2)本罪在客观方面一现为生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子并使生产遭受较大损失的行为。行为与结果之间并非直接相连，而是通过消费者购买并使之罪，依其情节分别承担以下刑事责任：
生产假农药和假兽药、假化肥，销售明知是假的或者失去使用效能农药以及兽药、化肥、种子，或者生产者及其销售者以不合格的农药、兽药、化肥及种子冒充合格的农药、兽药、化肥与种子，便生产遭受较大损失，处罚三年以下有期徒刑或者拘役，并且处或者单处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金;
使生产遭受重大损失的，处3年以上7年以下有期徒刑，并处销售金额百分之五十以上2倍以下罚金;
使生产遭受特别重大损失的
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