一、刑事案件证据不足事实不清如何处理?
刑事案件证据不足事实不清一般情况下会不予起诉。《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十一条第四款规定因事实不清，证据不足不予起诉。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
二、检察院不予起诉的情形是什么?
1、法定不起诉。
根据《刑事诉讼法》，其适用条件为：情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;犯罪已过追诉时效期限的;经特赦令免除刑罚的;依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;犯罪嫌疑人、被告人死亡的;其他法律规定免予追究刑事责任的。
2、酌定不起诉。
由《刑事诉讼法》规定：“对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。”
3、存疑不起诉。
由《刑事诉讼法》规定：“对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。”
三、检察院起诉的条件是什么?
1、提起公诉的实体条件。实体条件包括两个：一是犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分;二是依法应当追究刑事责任。
所谓犯罪事实已经查清，是指检察机关对下列事实已经查证属实：
(1)确定犯罪嫌疑人实施的行为是犯罪，而不是合法行为或者一般违法行为的事实;
(2)确定被告人应当负刑事责任，而不是不负刑事责任或者可以免除刑事责任的事实，例如犯罪嫌疑人的年龄、精神状况等;
(3)确定犯罪嫌疑人实施的是某一种或某几种性质的犯罪的事实;
(4)确定对犯罪嫌疑人应当或者可以从轻、减轻或者从重处罚的量刑情节的事实。查清上述事实，就符合犯罪嫌疑人的事实已经查清的条件。
根据《人民检察院刑事诉讼规则》的规定，具有下列情形之一的，可以确认犯罪事实已经查清：
(1)属于单一罪行的案件，与定罪量刑有关的事实已经查清，不影响定罪量刑的事实无法查清的;
(2)属于数个罪行的案件，部分罪行已经查清并符合起诉条件，其他罪行无法查清的;
(3)无法查清作案工具、赃物的去向，但有其他证据足以对被告人定罪量刑的;
(4)言词证据中主要情节一致，只有个别情节不一致且不影响定罪的。
证据确实、充分，是指指控的犯罪事实都有相应的证据予以证明，且证据之间、证据与案件事实之间不存在矛盾，足以排除非被告人作案的可能性。
2、提起公诉的程序条件。根据法律规定和诉讼的实际需要，提起公诉必须具备两项程序条件：
(1)检察院对提起公诉的案件具有管辖权;
(2)被告人在案。
3、提起公诉的政策条件。提起公诉的政策条件是实现公诉个别化的要求。当犯罪情节轻微、依法可以起诉也可以不起诉的情况下，检察机关应当贯彻国家的刑事政策，综合考虑犯罪的性质、情节、后果、被害人态度及社会影响等因素。如果认为提起公诉更符合公共利益，即应提起公诉;反之，应当不起诉。
在当代的社会，刑事类型的案件提起诉讼的时候需要注意一些事项。如果是公诉案件的话，应当是由检察机关审查起诉的，如果证据不足并且事实不清楚，那么会对此决定不予起诉，也可以退回补充侦查。
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