用人单位的部门取消，应当与劳动者进行协商，安排新的工作岗位或者解除劳动合同，若属于劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化的，用人单位解除劳动合同，应支付经济补偿和提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四十条有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：
（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
第四十六条
有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的。
第四十七条
经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
公司因部门合并，违法辞退员工，员工能够依据《劳动合同法》第四十七条第一款的规定要求支付经济补偿金，按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
《劳动合同法》第二十九条规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。
第三十五条规定，用人单位与劳动者协商一致，能够变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。
变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》第二十九条用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。第三十五条用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。第四十七条第一款经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。根据上述文章中的内容，相信已经解答了用人单位的部门取消员工怎么办的问题。在日常生活中，我们应该要多了解学习一些法律知识，这样在遇到有法律问题时才能作出正确的判断，才可以更好的运用法律的武器来保护自己的合法权益。如果还有相关法律问题需要咨询律师，可以点击下方“立即咨询”按钮，律图网会匹配专业律师为您服务。
