公司有诉讼的，一般不可以注销。公司要经依法清算后，才能向公司登记机关申请办理注销登记。所以在公司进行诉讼时，权利义务关系尚未明确，公司的清算组也不能准确的确定公司的资产和债权债务情况，暂时不能进行注销。
一、公司办理注销需要的手续有：
1、成立清算组，制定清算方案并报确认；
2、以清算财产支付各种税、费、债；
3、制定清算报告并报股东会、股东大会或人民法院确认；
4、办理注销登记、注销营业执照。
二、公司注销的办理流程为：
1、办理国税注销税务登记；
2、办理地税注销税务登记；
3、到开户银行办理银行账户销户；
4、到公司主管工商局办理公司注销备案；
5、刊登注销公告；
6、登报45日后，再次到工商局办理注销申请；
7、到质监局注销代码证。
总而言之，公司在清算期间被起诉的，在案件结束前，不能注销公司。但是在诉讼过程中，公司未经清算即办理注销登记的，则应当由有限责任公司的股东在债权人主张的公司债务范围内，承担相应的赔偿责任，当然赔偿的前提是债权债务查证属实。在民事诉讼过程中，作为一方当事人的公司办理注销登记的，应当区分注销公司时依法清算和未清算两种情形。如果在当事人起诉后，公司依法成立了清算组，依照公司法等规定进行了清算，则诉讼应当中止或者终止，当事人可以依照公司清算程序实现自身权利。
相关法规：
《中华人民共和国公司法》
第一百八十八条【公司注销】公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
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