发生医疗事故的可以处理的部门如下：
1、发生医疗事故的，应该由卫生行政部门处理；
2、难以确定是否属于医疗事故的，可以申请医疗事故鉴定机构鉴定；
3、对医疗鉴定结果不满的，当事人无法协商一致的，患者也可以直接到人民法院起诉。
一、发生医疗事故应该注意：
1、患者在起诉时应注意是否超过了诉讼时效。按照相关法律规定，身体受到伤害要求赔偿的，患者应当在从知道或应当知道权利被侵犯时起一年内向医院所在地人民法院提起诉讼，超出诉讼时效后就会失去法律的保护，法院会作出不予受理或驳回起诉的裁判。
2、医患双方的举证责任不同。根据相关法律规定，医患纠纷的证据责任分配是责任倒置，具体而言，患者在起诉时应提交在医院就诊治疗、遭受损失的事实及具体数额等相关证据材料，而医院需承担证明自己在对患者提供医疗服务过程中不存在过错或过失的充分证据，否则，医院就需承担对患者造成经济损失及精神损害的赔偿责任。
3、应选择最恰当的法律、法规及有针对性的证据，以支持个人的主张和保护自己的权利。这是因为同一医患纠纷可能发生法律竞合的问题，但依据不同的法律规定，其法律责任可能有较大区别。诉讼中应围绕核心问题进行举证、质证，可起到事半功倍的效果。
二、医疗事故的级别有：
1、一级医疗事故，造成患者死亡、重度残疾的；
2、二级医疗事故，造成患者中度残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍的；
3、三级医疗事故，造成患者轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍的；
综上所述，发生医疗事故的可以处理的部门有发生医疗事故的，应该由卫生行政部门处理；难以确定是否属于医疗事故的，可以申请医疗事故鉴定机构鉴定；对医疗鉴定结果不满的，当事人无法协商一致的，患者也可以直接到人民法院起诉。发生医疗事故应该注意患者在起诉时应注意是否超过了诉讼时效，医患双方的举证责任不同，应选择最恰当的法律、法规及有针对性的证据，以支持个人的主张和保护自己的权利。
相关法规：
《医疗事故处理条例》
第十四条发生医疗事故的，医疗机构应当按照规定向所在地卫生行政部门报告。
发生下列重大医疗过失行为的，医疗机构应当在12小时内向所在地卫生行政部门报告：
(一)导致患者死亡或者可能为二级以上的医疗事故；
(二)导致3人以上人身损害后果；
(三)国务院卫生行政部门和省、自治区、直辖市人民政府卫生行政部门规定的其他情形。
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