有约定的按照约定，无约定的由人民法院确定。如果在工程施工合同中，当事人双方规定了逾期付款违约金怎么计算的话，就按照合同中的约定计算来支付违约金，如果双方没有约定的话，可以委托律师向人民法院申请判处赔偿违约金。即“逾期贷款(借款人未按合同约定日期还款的借款)罚息利率由现行按日万分之二点一计收利息，改为在借款合同载明的贷款利率水平上加收30%-50%”。
(一)参照合同约定支付工程价款
建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
这里要充分注意，只是“参照合同约定支付工程价款”，而非“按照”合同约定支付工程价款。也就是说支付的工程款不一定是实现约定的那个金额，也没有以工程定额为标准，通过鉴定确定建设工程价值的补偿原则。在这里，司法解释制定者是采用“折价补偿”的方式处理无效合同的。
(二)承包人承担修复费用
如果建设工程施工的建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格，但是修复后的建设工程经竣工验收合格的，发包人请求承包人承担修复费用的，法院应予支持。
(三)不予支付工程款
如果建设工程施工的建设工程施工合同无效，修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。
(四)发包人按照过错承担相应的民事责任
因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
(五)收缴当事人已经取得的非法所得
在承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与他人签订建设工程施工合同，导致建设工程施工合同无效的，人民法院可以收缴当事人已经取得的非法所得。
(六)施工中取得资质的，按照有效合同处理
在超越资质等级的建设工程施工合同无效的场合下，如果承包人签约之时超越资质等级许可的业务范围签订建设工程施工合同，但是在建设工程竣工前取得相应资质等级，当事人请求按照无效合同处理的，法院不予支持。
在日常生活中，施工合同无效的法律后果主要有：第一，要支付施工合同款;第二，收缴当事人获得的非法所得;第三，还会吊销当事人的施工执照等。施工合同逾期了的话，违约金按照双方约定的计算方式赔偿。
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