建设工程运输合同纠纷解决途径包括协商、调解、仲裁、以及向法院起诉等。
1、和解
和解是建设工程纠纷当事人在自愿友好的基础上，互相沟通、互相谅解，从而解决纠纷的一种方式。
建设工程发生纠纷时，当事人应首先考虑通过和解解决纠纷。事实上，在工程建设过程中，绝大多数纠纷都可以通过和解解决。
2、调解
调解是建设工程当事人对法律规定或者合同约定的权利、义务发生纠纷，第三人依据一定的道德和法律规范，通过摆事实、讲道理，促使双方互相作出适当的让步，平息争端，自愿达成协议，以求解决建设工程纠纷的方法。这里讲的调解是狭义的调解，不包括诉讼和仲裁程序中在审判庭和仲裁庭主持下的调解。
3、仲裁
仲裁，亦称“公断”，是当事人双方在纠纷发生前或纠纷发生后达成协议，自愿将纠纷交给第三者，由第三者在事实上作出判断、在权利义务上作出裁决的一种解决纠纷的方式。这种纠纷解决方式必须是自愿的，因此必须有仲裁协议。如果当事人之间有仲裁协议，纠纷发生后又无法通过和解和调解解决，则应及时将纠纷提交仲裁机构仲裁。
4、诉讼
诉讼是建设工程当事人依法请求人民法院行使审判权，审理双方之间发生的纠纷，作出有国家强制保证实现其合法权益、从而解决纠纷的审判活动。合同双方当事人如果未约定仲裁协议，则只能以诉讼作为解决纠纷的最终方式。
二、签署工程合同需要注意什么?
签署工程合同需要注意的事项包括应当审查施工合同主体、注意约定合理的付款方式等。
此外，如何认定甲公司和乙公司之间的内部承包协议的效力?在实践中，内部承包协议存在多种形式。第一种形式，两个没有关联关系的法人之间签订的内部承包协议，这属“名为内部承包，实为非法转包”的情况，合同无效，本案即属此例。
第二种形式，集团公司内部承包给下属子公司或其他关联公司。由于这类协议仍然是两个独立法人之间签订的，所以这种形式仍然应当被认定为非法转包。
第三种形式，内部项目部承包工程。在项目部负责人和技术负责人本身是公司员工的情况下，内部承包协议合法有效。在项目部负责人和技术负责人不是员工的情况下，签订内部承包协议属于借用资质的行为，因而无效。
尽管由于承包人资质问题而导致施工合同无效的情形，在司法实践中可以参照合同约定结算工程款，但当事人仍然存在着承担行政责任、项目亏损、质量事故责任、刑事责任等各类法律风险。因此，发包人(无论是业主还是施工企业作为总包方)在签约时，应当严格审查承包人资质。除此之外，还需要审查其资信、业绩。并且，在审查时应注意采取相关核查措施，仅仅看缔约对方报送的文件，是远远不够的。
2、注意约定合理的付款方式
因此，当事人应注意约定合理的付款方式，确保付款节点的可明确性及其合理性。
3、工期和工期调整的约定技巧
此外，当事人在约定工期调整的时候，应当明确，对于施工方递交的工期调整报告，发包方应当在几日内回复，如不回复视为认可。这样可以有效保护施工方的合法权益。
不管是因为工程款的支付问题，还是因为其他的问题引发了建设工程运输合同纠纷，若是想要起诉，都需要向法院提交民事起诉状。起诉状的格式现行法并没有明确的规定，但是在书写起诉状的时候，必须要注明与纠纷案件有关的事实、需要注明原告、被告的姓名等的信息。
