1、公诉案件证据不足，法院可能会作出无罪判决。
根据《刑事诉讼法》第二百条
在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：
(一)案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决;
(二)依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决;
(三)证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
2、案件到检察院公诉证据不足的处理方法如下：
(1)不符合起诉条件的，检察院应当作出不起诉的决定。
(2)证据不足，不能认定被告人有罪的，法院应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
二、证据不足认定方法有哪些?
1、证据不足认定方法包括实物检验法、逐个审查等。
(1)个别判断，逐个审查。
即要对案件的每一个证据的证据力和证明力加以确定，紧紧抓住判断每一个证据的标准，也就是客观性，关联性和合法性这项标准，加以权衡，不符合标准的应视为证据不足;
(2)排除法。
运用比较、鉴别、分析的方法，进行综合判断，排除矛盾，凡是矛盾没有得到排除，即可视为证据不足;
(3)实物检验的方法，又称实物验证法则。
按照唯物主义的基本立场和观点，案件中所有的言词证据，都要有实物证据验证，作到言之有物，即使没有收集到实物证据，也要把各种言词证据中所涉及到的人、财、物的来源和去向加以说明。
2、证据不足可以立案侦查，而且证据是否充足对立案并没什么影响。
立案必须同时具备两个条件：
(1)有犯罪事实
指客观上存在着某种危害社会的犯罪行为。这是立案的首要条件。有犯罪事实，包含两个方面的内容。
①要立案追究的，必须是依照《刑法》的规定构成犯罪的行为。立案应当而且只能对犯罪行为进行。如果不是犯罪的行为，就不能立案。没有犯罪事实，或者根据《刑事诉讼法》规定，有危害社会的违法行为，但是情节显著轻微，危害不大，不认为是犯罪的，就不应立案。
由于立案是追究犯罪的开始，此时所说的有犯罪事实，仅是指发现有某种危害社会而又触犯刑律的犯罪行为发生。至于整个犯罪的过程、犯罪的具体情节、犯罪人是谁等，并不要求在立案时就全部弄清楚。这些问题应当通过立案后的侦查或审理活动来解决。
②要有一定的事实材料证明犯罪事实确已发生。包括犯罪行为已经实施、正在实施和预备犯罪。
(2)需要追究刑事责任
指依法应当追究犯罪行为人的刑事责任。只有依法需要追究行为人刑事责任的犯罪事实，当有犯罪事实发生，并且依法需要追究行为人刑事责任时，才有必要而且应当立案。
公民发现他人、单位实施了诈骗等的犯罪行为之后，可以到公安机关报案。公安机关在接到报案之后，只要确定满足了立案标准，那么不管现有证据是否表明被举报者犯罪了，都可以立案处理。但若经过侦查后，并不能收集足够证明公民实施了犯罪行为的证据，那么可能就需要撤案处理。
