一般应由征地拆迁房屋所在地法院管辖，也可由最初作出行政行为的行政机关所在地人民法院管辖或复议机关所在地人民法院管辖。
《民事诉讼法》
第二十二条
对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖;被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。
对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。
同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。
第三十四条
下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：
(一)因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖;
(二)因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖;
(三)因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。
二、拆迁补偿纠纷该怎么办
1、行政裁决
对拆迁人与被拆迁或者拆迁人，被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁安置协议，就补偿安置争议向人民法院提起民事诉讼的，人民法院不予受理，并告知当事人可以按照规定向有关部门申请裁决。拆迁人与被拆迁人或者拆迁人与被拆迁人、房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议的，经当事人申请，由房屋拆迁管理部门裁决。
实施裁决的房屋拆迁管理部门是县级以上地方人民政府房屋拆迁管理部门。房屋拆迁管理部门是被拆迁人的，由同级人民政府裁决。裁决的内容包括补偿方式和补偿金额、安置用房面积和安置地点、搬迁期限、搬迁过渡方式和过渡期限等事项。裁决应当自收到申请之日起30日内作出。
2、行政或司法强制
(一)行政强制：被拆迁人或者房屋承租人在行政裁决书规定的搬迁期限内未搬迁的，由拆迁管理部门提请公安部门强制拆迁。
(二)司法强制：被拆迁人或者房屋承租人在裁决书规定的搬迁期限内未搬迁的，由房屋拆迁管理部门依法申请人民法院强制拆迁。实施强制拆迁前，拆迁人应当就被拆除房屋的有关事项，向公证机关办理证据保全。行政强制或司法强制只能选一种。房屋拆迁管理部门提请或申请强制拆迁，必须非常慎重。
3、民事仲裁或民事诉讼
拆迁补偿安置协议订立后，被拆迁人或者房屋承租人在协议的约定的搬迁期内拒绝搬迁的，拆迁人可以依法向仲裁委员会申请仲裁，也可以依法向人民法院提起民事诉讼。诉讼期间，拆迁人可以依法申请人民法院先予执行。
发生拆迁纠纷的时候，可以通过行政裁决或依法提起诉讼的方式来处理。而在提起诉讼的时候需要向有管辖权的法院提交起诉状，一般可以向被拆迁房屋所在地的法院提起诉讼，也可以向做出行政决定的行政机关所在地的法院提起诉讼。
