代理人签字是否有效要看是否在被代理人的授权范围内，并不是所有代理人的行为都是有效的，要根据情况而定。
1、如果是由代理人在代理权限内代替签字的;
或当事人明知他人以自己名义在合作协议上签字而不作否认表示的，则签字有效，合作协议也有效。
2、如果是是他人在无权代理、超越代理权或者代理权终止后的情况下代替当事人签字的，经当事人追认后，该代理签字有效，合作协议也就有效。
3、如果不属于上述情形的，则所签合作协议无效，对当事人没有法律约束力委托代理人按照被代理人的委托行使代理权。
法定代理人依照法律的规定行使代理权。
代理人和相对人恶意串通，损害被代理人合法权益的，代理人和相对人应当承担连带责任。
根据“被代理人对代理人的代理行为，承担民事责任”的规定，代理人以本人的名义与第三人为民事行为，由此产生的法律效果完全归属本人。
这就是说，代理人在代理权限内以被代理人名义所实施的民事行为，由此而形成的权利义务应当由本人承受，相应的民事责任也要由本人而不是代理人承担。
法律对由委托人承担法律后果规定的前提为“代理人在代理权限内”与“以被代理人的名义实施民事法律行为”，即欲使代理的法律效果归属于被代理人，必须具备两个条件:
一是受委托人在代理权限内行事，二是以委托人的名义行事。
当然，如果受托人从事无权代理，或者代理行为违法时，应当适用无权代理、表见代理、代理行为无效等规则，代理所产生的法律后果不应当完全由本人承担。
该种情况非属代理权的正常行使，而本文所欲讨论者为代理权正常行使时，受托人签名的法律效果，因而对此不作探讨。
除却在授权范围内行事条件，构成代理，仍需受托人的代理权明示及以委托人的名义行事之要素。
综上所述，依照国家相关法律规定、当事人约定或者民事法律行为的性质，应当由本人亲自实施的民事法律行为，不得代理，代理人签订合同也是无效的，但是如果代理人在代理权限内，以被代理人名义实施的民事法律行为，对被代理人发生相应法律效力。
