两者之间根本的区别在于行为人是否具有非法占有为目的。如果具有非法占有为目的，则构成合同诈骗罪，否则系民事纠纷。
认定行为人是否具有非法占有为目的，要在综合考察以下客观情况的基础上加以确定：
1、审查行为人主体资格;
2、考察行为人在签订合同时履行合同的能力;
3、行为人是否有积极履行合同的行为;
4、考察未履行合同的原因;
5、考察行为人在对方当事人履行或部分履行合同后的表现。有学者强调非法占有为目的不仅发生在合同签订过程中，亦可产生在履行合同过程中，而且注重考察事后是否挥霍对方当事人的货物、货款等。
诈骗行为，是以非法占有为目的，以欺诈的手段骗取或利用受害人的无知而骗取其财物。而经济纠纷则是双方发生经济方面的纠纷，是一种法律上的民事行为纠纷。
一般来说，两者比较容易混淆的，就是典型的借钱不还的问题。借了钱，债务人打了欠条，然后没钱还，如何界定是经济纠纷还是诈骗，真的很难说。但按照目前我国刑法疑罪从无原则，在无法区分诈骗还是经济纠纷且没有证据证明诈骗时，应当以经济纠纷来定论。
二、经济纠纷属于什么案件?
1、经济纠纷就是经济案件。
2、有合同，就是对应的合同纠纷。
3、无合同，也会有对应的民商事纠纷。
经济纠纷有两大类：
一是经济合同纠纷，如买卖合同纠纷，借款合同纠纷，承揽合同纠纷，建设工程合同纠纷、技术合同纠纷等;
二是经济侵权纠纷;如知识产权(如专利权、商标权)侵权纠纷、所有权侵权纠纷、经营权侵权纠纷等。
在市场经济中，合同是平等的市场主体间确立交易关系，共同实施交易行为，追求和实现经济目的的法定和普遍的形式，因此，合同纠纷是经济纠纷的主要部分。
需要明确的就是，经济纠纷这一类的问题是可以报警向警方求助的，但是经济纠纷这一类的问题不属于警方的一个管辖范围，按照我国相关的法律规定公安部门会这一类的案件移交给相关的部门来进行处理。
