聚众扰乱社会秩序罪和妨害公务罪的区别有以下几点：
(1)前者侵害的对象是国家机关、企事业单位和人民团体;后者侵害的对象是特定的国家工作人员。
(2)前者是聚众进行;后者可以是单个人进行。
(3)前者不限于采用暴力、威胁的方法;后者采用暴力、威胁的方法。
根据《中华人民共和国刑法》第二百九十条 【聚众扰乱社会秩序罪】聚众扰乱社会秩序，情节严重，致使工作、生产、营业和教学、科研、医疗无法进行，造成严重损失的，对首要分子，处三年以上七年以下有期徒刑;对其他积极参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。
第二百七十七条【妨害公务罪】以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。以暴力、威胁方法阻碍全国人民代表大会和地方各级人民代表大会代表依法执行代表职务的，依照前款的规定处罚。
二、聚众扰乱社会秩序罪的主观要件和客观要件
本罪的主观要件为故意。即行为人明知自己聚众扰乱公共场所秩序、交通秩序的行为会造成秩序混乱、交通堵塞、财产损失和社会秩序不稳定等严重后果，并且希望或放任这种危害结果的发生。
本罪的客观要件为实施了聚众扰乱交通秩序，情节严重的行为。本罪以情节严重为构成要件。所谓“情节严重”，在司法实践中主要是指以下几个方面:
(1)由于聚众扰乱公共场所秩序，造成人员伤亡，建筑物被损坏，或者公私财产遭到重大损失的;
(2)在聚众闹事过程中，使用暴力手段殴打治安管理人员的;
(3)设置路障、堵塞或破坏交通秩序，致使车辆严重受阻，造成交通瘫痪等。
聚众扰乱社会秩序罪和妨害公务罪的区别有很多，聚众扰乱社会秩序一般是由三人以上计划组织扰乱社会秩序，而后者可以是个人通过某些具体行为妨害到国家工作人员的工作。聚众扰乱社会秩序罪一般没有采用暴力的方法，而后者采取了暴力的行为。
