如果不是当事人自己的原因，行政机关要撤销行政许可，应当予以赔偿。
《行政许可法》第六十九条第四款规定，行政机关撤销行政许可损害被许可人的合法权益的应当依法予以赔偿。这一规定主要是为了保护公民、法人或者其他组织对行政行为合法性的信赖。如果行政机关骤然撤销行政许可以维护公共利益，对被许可人产生的损害，应当予以赔偿。赔偿应当以被许可人、因此受到的实际损害为限。
保护公民、法人或者其他组织的信赖，其前提是其信赖合理、值得保护。对于被许可人以欺骗、贿赂等不正当手段取得行政许可的，其行为本身就违反了信赖原则的要求，其基于行政许可取得的利益自然不受保护，行政机关依法撤销被许可人取得的行政许可，即使对被许可人造成财产损害的，也应由被许可人自负，行政机关不予赔偿。
二、行政许可的撤销情形
1、可以撤销的情形
(1)行政机关工作人员滥用职权、玩忽职守作出准予行政许可决定的;
(2)超越法定职权作出准予行政许可决定的;
(3)违反法定程序作出准予行政许可决定的;
(4)对不具备申请资格或者不符合法定条件的申请人准予行政许可的;
(5)依法可以撤销行政许可的其他情形。
2、应当撤销的情形
(1)被许可人以欺骗、贿赂等手段取得许可的，应当予以撤销。
(2)被许可人以欺骗、贿赂等不正当手段取得行政许可的，行政机关应当依法给予行政处罚;取得的行政许可属于直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全事项的，申请人在"3年内"不得再次申请该行政许可;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
3、不予撤销的情形
不论是"可以撤销"，还是"应当撤销"的情形，当撤销许可可能对公共利益造成重大损害的，不得撤销。
因此在实际生活中，撤销行政许可是否有赔偿要根据具体的情况来看，如果是导致被许可人有损害的，不是因为被许可人的原因导致的撤销，那么就应该有对应的赔偿;但是如果是因为被许可人的原因导致的行政许可被撤销，则是不存在赔偿问题的。
