如果是土地经营权的权属发生纠纷，管辖部门为国土部门、县级以上政府、有管辖权的法院。按照《土地管理法》的规定，先行由县级国土部门调查、调解，如果能协商解决是最佳的解决办法，可以解决定纷止争，节省人财物力，协商不成的，由县级政府进行裁决。往往一个案件由于历史原因解决难度较大，如果对政府的裁决不服提起行政诉讼，时间成本会更大。
如果是土地承包经营权的纠纷，管辖部门为乡政府、仲裁机构、有管辖权的法院。按照《农村土地承包法》规定：承包合同自成立之日起生效。因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡(镇)人民政府等调解解决。这是协商解决的最佳办法，往往发生纠纷不会是一方的过错，需要各让一步，才能解决，如果调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。
二、可以收回土地使用权的情形
(一)为公共利益需要使用土地的;
(二)为实施城市规划进行旧城区改建，需要调整使用土地的;
(三)土地出让等有偿使用合同约定的使用期限届满，土地使用者未申请续期或者申请续期未获批准的;
(四)因单位撤销、迁移等原因，停止使用原划拨的国有土地的;
(五)公路、铁路、机场、矿场等经核准报废的。
三、国有土地使用权使用期限是多长
按照土地用途不同使用期限也不相同。根据《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第十二条的规定，土地使用权出让最高年限按下列用途确定：居住用地七十年;工业用地五十年;教育、科技、文化、卫生、体育用地五十年;商业、旅游、娱乐用地四十年;综合或者其他用地五十年。
总之，因土地使用权问题引发的纠纷，第一时间还是应该寻求乡镇政府部门介入处理的，一般国土部门对土地使用权纠纷都有管辖权，农村的村民们因宅基地使用权问题而引发的纠纷，其实村委会或乡政府部门都可以帮忙协调处理的。
