(一)诚实信用原则
诚实信用原则是指民事主体在从事任何民事活动时都要诚实守信，不得滥用权利规避法律和合同约定的义务。在达成协议之后，双方当事人也应当守信用，自觉履行协商中约定的义务。达成协议后，双方都必须按照合同的内容履行自己的义务，享受自己的权利。不得违背诚实信用。
(二)双方当事人自愿原则
民事主体之间的协商必须建立在双方当事人完全自愿的基础之上，任何一方或者第三方均不得强迫另一方接受协商解决方式。在协商过程中不得有欺诈、胁迫或者乘人之危的情形，不存在重大误解或者显失公平，否则达成的协议将会被撤销或者变更。达成的协议必须是出自于双方主观的自愿的，不得有任何的违背自愿意思表示的行为。
(三)采用法定的形式
由于医疗纠纷涉及的问题非常复杂，时间跨度较长，且患方容易出现反复，因此医患双方在协商解决纠纷达成一致意见时，应当制作协议书。《医疗事故处理条例》第47条规定，双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。
在有过错的情况下才承担民事责任，如果没有什么过错是不需要承担民事责任的，这就是过错责任原则，在有过错的前提下，受害人觉得加害人有一定的过错，那么就要举出相应的证据表明加害人是主观意识上有错误的，因为这个加害人的过错的程度在一定程度上也会影响赔偿责任的范围。
如果在医疗事故中，致使人员损害，但是不能证明自己到底有没有过错，那么就要先推定是有过错的，还要承担侵权责任，这也就是推定过错责任原则。
如果事故发生以后，不能因为这个人主观有没有过错而把责任都推给他，只要他的行为或者他所管理的人或者事物直接或者间接导致了事故的发生，那么他就应该承担一定的民事责任，但这个无过错责任原则只适用于一些特别规定的场合，比如环境污染致人损害、饲养的动物致使人受到损害等等。
但如果事故发生以后，事故双方都没有什么错误，而且法律也没有什么特别的规定适用的，那么法院就应该根据公平的理念，在考虑双方的各种情况的基础上，责令加害人对受害人的财产损害给予适当的补偿，由当事人合理公平的分担损失，也就是公平责任的原则，比如，在手术中，因为输血意外感染了疾病，那么这个里面采血站和用血的医院是没有过错的，但根据这个公平责任原则，法院就会判处采血机构对受害人进行经济补偿，但也有一些案例，因为这些机构不能够证明自己是否有过错，法院判处巨额赔偿。
在现实生活当中，经常会发生一些医疗纠纷，医疗纠纷主要是医院方面和患者之间关于医疗行为产生的争议，在处理这些纠纷的时候，有基本的原则需要遵循，比如说在调解时应当在查明事实的基础上所进行，必须合乎法律规定的程序和实体要求。
