商铺拆迁转让合同纠纷的处理方式主要有以下几种：
(一)协商
当事人自行协商解决合同纠纷，是指合同纠纷的当事人，在自愿互谅的基础上，按照国家有关法律、政策和合同的约定，通过摆事实、讲道理，以达成和解协议，自行解决合同纠纷的一种方式。
合同签订之后.在履行过程中，由于各种因素的影响容易产生纠纷，有了纠纷应当从有利于维护团结、有利于合同履行的角度出发，怀着互让、互谅的态度，争取在较短的时间内，通过协商求得纠纷的解决。对于合同纠纷，尽管可以用仲裁、诉讼等方法解决。但由于这样解决不仅费时、费力、费钱财，而且也不利于团结，不利于以后的合作与往来。用协商的方式解决，程序简便.及时迅速，有利于减轻仲裁和审判机关的压力，节省仲裁、诉讼费用，有效地防止经济损失的进一步扩大.同时也有利于增强纠纷当事人之间的友谊，有利于贡固和加强双方的协作关系，扩大往来，推动经济的发展。由于这种处理方法好，在涉外经济合同纠纷的处理中，也相当盛行。
(二)调解
合同纠纷的调解，是指双方当事人自愿在第三者(即调解的人)的主持下，在查明事实、分清是非的基础上，由第三者对纠纷双方当事人进行说明劝导，促使他们互谅互让，达成和解协议，从而解决纠纷的活动。
(三)仲裁
仲裁也称公断。合同仲裁，即由第三者依据双方当事人在合同中订立的仲裁条款或自愿达成的仲裁协议，按照法律规定对合同争议事项进行居中裁断.以解决合同纠纷的一种方式。仲裁是现代世界各国普遍设立的解决争议的一种法律制度、合司争议的仲裁是各国商贸活动中通行的惯例。
(四)诉讼
合同在履行过程中发生纠纷后.解决争议的方式有4种：即当事人自行协商解决，调解仲裁和诉讼。其中，仲裁方法由于比较灵活、简便，解决纠纷比较快，费用又比较低，所以很受当事人欢迎。但是，如果当事人一方不愿仲裁,则不能采用仲裁的方式、而只能采用诉讼的方式来解决双方当事人之间的争议。所以，诉讼是解决合同纠纷的最终形式。
二、店面转让合同纠纷有哪些
商铺的转让合同，常见的事项除了主体之外，主要是：承租的地点、面积、租金、租金递增的比例及时间点、租赁保证金或者履约保证金、违约金、合同解除权、违约责任、纠纷处理途径、拆迁赔偿问题等。
1、关于承租的地点，该事项的约定，一方面涉及约定法院管辖时的选择问题，另一方面如是招商阶段还涉及出租人变更具体的店面时，相对应的违约条款设计问题。
2、关于租金递增以及时间点的问题，这里需要关注的是递增的基数，是以月租金还是季度租金还是年度租金为计算基础。而递增比例及时间点，明确约定好则承租人可以预估租赁合同履行的成本及收益问题，从而对于承租的投资是否可行作出预估。
3、关于租赁保证金或者履约保证金，一般是确保承租人依约履行合同的保证金，针对的是承租人单方违约或者损坏店面或者违反物业管理规定等，该点要详列部分情况下做好兜底条款的设计。
4、关于拆迁赔偿问题，为何需要提及该问题，理由是按照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定，房屋的征收及补偿仅针对房屋的所有权人，也就是说，一旦承租的店面发生征收，则国家是不对承租人进行补偿的，该问题将由房屋的所有权人与承租人自行处理。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条的规定，其中对房屋所有权人的征收补偿就包括“因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。”因此，承租人必须与出租人对可能发生的征收补偿时如何处理双方的关系作出约定，因为一旦发生征收事件，则租赁合同无法继续履行，承租人最好选择出租人价值补偿，补偿的范围包括预期经营利益的损失、装修折旧损失、搬迁费用等，同时需要将前述范围具体化、数值化便于后期操作。
在现实生活之中，店面转让合同纠纷还是比较常见的，对于纠纷当事人来说，在纠纷发生之后，首先可以判断具体是什么原因导致了纠纷的发生，之后可以选择适宜的、对自己较为有利的方式来处理纠纷。
