一、应该由谁备案施工合同
施工合同备案是由建设单位办理的。施工合同即建筑安装工程承包合同，是发包人和承包人为完成商定的建筑安装工程，明确相互权利、义务关系的合同。建设工程施工合同实行备案制度。根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定可知，订立书面合同7日内，中标人应当将合同送县级以上建设行政主管部门备案;在施工过程中，各级政府建设工程质量监督管理部门还要对工程建设的质量进行全面监督。
二、黑白施工合同中如何结算工程价款
法律、行政法规规定必须进行招标的建设工程，或者未规定必须进行招标的建设工程，但依法经过招标投标程序并进行了备案，当事人实际履行的施工合同与备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据。
法律、行政法规规定不是必须进行招标的建设工程，实际也未依法进行招投标，当事人将签订的建设工程施工合同在当地建设行政管理部门进行了备案，备案的合同与实际履行的合同实质性内容不一致的，应当以当事人实际履行的合同作为结算工程价款的依据。
备案的中标合同与当事人实际履行的施工合同均因违反法律、行政法规的强制性规定被认定为无效的，可以参照当事人实际履行的合同结算工程价款。
三、黑白施工合同中如何认定实质性内容变更
招投标双方在同一工程范围下另行签订的变更工程价款、计价方式、施工工期、质量标准等中标结果的协议，应当认定为实质性内容变更。中标人作出的以明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设方捐款等承诺，亦应认定为变更中标合同的实质性内容。
备案的中标合同实际履行过程中，工程因设计变更、规划调整等客观原因导致工程量增减、质量标准或施工工期发生变化，当事人签订补充协议、会谈纪要等书面文件对中标合同的实质性内容进行变更和补充的，属于正常的合同变更，应以上述文件作为确定当事人权利义务的依据。
施工合同备案是由建设单位办理的，这是不难回答的问题。建设工程施工合同实行备案制度，这是法律规定的众多制度之一。而具体说来，我国的建设单位在订立施工的正式书面合同的一个星期内，也就是七天内，是必须向有关的单位主动备案登记的。这是根据我国的法律规定可以得出的答案。
