超施工合同工期扣违约金是合理的。
《中华人民共和国民法典》
第五百七十七条 【违约责任】当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第五百七十八条 【预期违约责任】当事人一方明确表示或者以自己的行为表明不履行合同义务的，对方可以在履行期限届满前请求其承担违约责任。
第五百七十九条 【金钱债务实际履行责任】当事人一方未支付价款、报酬、租金、利息，或者不履行其他金钱债务的，对方可以请求其支付。
第五百八十五条 【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
二、施工合同的基本内容有哪些?
(1)建设工程施工工程的名称和地点;
(2)建设工程施工工程的范围和内容;
(3)建设工程施工开工、竣工日期及中间交工工程开工、竣工日期;
(4)建设工程施工工程的质量保修期及保修条件;
(5)建设工程施工工程的造价;
(6)建设工程施工工程价款的支付、结算及交工验收办法;
(7)建设工程施工设计文件及概、预算和技术资料提供日期;
(8)建设工程施工材料和设备的供应和进场期限;
(9)双方相互协作事项;
(10)建设工程施工违约责任。
《中华人民共和国民法典》
第一百八十八条 【普通诉讼时效、最长权利保护期间】向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
在司法实践中，导致工程逾期的原因很多，如果有正当理由导致不能按时完工，类似于发包方没有按照约定的时间提供相应的建筑材料才导致工程延期的，这种情况下发包方不能要求施工单位承担违约责任。
