如果公司是增值税纳税人，那就需要补税，因为库存商品的进项税是已经被抵扣了的。
提供的文件仅只企业从一般纳税人注销成为小规模纳税人的情况，并不是整个企业都注销。
根据《财政部 国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税〔2005〕165号）第六条规定，一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，
转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。因此，一般纳税人办理注销时，库存未实现销售不需要补缴增值税。
一般纳税人企业申请注销税务登记时，如果企业销项税金大于进项税金，并且按注销企业的有关政策规定交纳增值税后，企业还有存货余额的，其存货余额部分应按存货的适用税率计算补交已抵扣的税款，
因为存货在当初购进时其进项税金已作了抵扣，减少了当期应交税金，既然现存货已经退出了企业的经营活动，所以要对先期已抵扣的进项税进行调整。
法律依据：
《财政部 国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税〔2005〕165号）
一般纳税人注销时存货及留抵税额处理问题：
一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
