套取国家专项资金的使用人涉嫌诈骗等犯罪，国家机关工作人员在审核资金使用人提供的材料时明知或应当明知条件虚构，仍予以纵容、帮助或者不认真履行职责，严重不负责任没有审查出相关材料虚假而使国家专项资金被骗取的，应当分别以滥用职权罪、玩忽职守罪追究相关国家机关工作人员刑事责任。
《刑法》第三百九十五条规定，国家工作人员的财产、支出明显超过合法收入，差额巨大的，可以责令该国家工作人员说明来源，不能说明来源的，差额部分以非法所得论，处五年以下有期徒刑或者拘役；差额特别巨大的，处五年以上十年以下有期徒刑。财产的差额部分予以追缴。
《关于规范办理套取国家专项资金案件的指导意见》明确了对套取专项资金使用人罪名适用的三种情形：
一是套取国家专项资金的使用人不符合国家专项资金政策的基本条件，在申报过程中严重弄虚作假，虚构并不存在的企业或项目，伪造关键性申报材料，符合诈骗罪构成要件的，应当对使用人以诈骗罪定罪处罚。
二是套取国家专项资金使用人的申报项目符合国家专项资金政策的基本条件，但在申报过程中夸大实际情况，伪造或提供了个别非关键性虚假申报材料，套取的国家专项资金部分被用于企业弥补损失，或者用于转产、更新设备、生产经营的，对使用人一般不宜按诈骗罪定罪处罚。
三是套取国家专项资金的使用人在申报过程中向国家机关工作人员行贿、伪造国家机关公文证件印章，情节严重的，应当对使用人分别以行贿罪、伪造国家机关公文证件印章罪定罪处罚。
