暴力危及飞行安全罪的处罚标准，是根据《刑法》第一百二十三条 【暴力危及飞行安全罪】对飞行中的航空器上的人员使用暴力，危及飞行安全，尚未造成严重后果的，处五年以下有期徒刑或者拘役;造成严重后果的，处五年以上有期徒刑。
二、本罪与它罪的认定
(一)罪与非罪的界限
司法实践中，在认定某种行为是否构成暴力危及飞行安全罪时，主要是把握该行为是否具有相当严重的社会危害性，是否具有本罪的构成要件，是否危害或足以危害飞行安全。如果行为人对正在飞行中的航空器上的人员使用的不是暴力行为而是胁迫或其他行为;或者行为人不是对航空器上的人员使用暴力，而是对航空器以外的人员或航空器本身施用暴力或强力;或者行为人乃是对正在飞行中的航空器上的人员使用暴力，而是对停机待用的航空器上的人员使用暴力;或者行为人是对正在飞行中的航空器上的人员使用暴力，但不足以危及飞行安全的，则均不构成本罪为了制止飞行中的航空器上正在进行的不法侵害行为如劫持航空器的犯罪行为等，行使正当防卫权利的，即使是对不法侵害行为人使用暴力，且有可能危及飞行安全的，也不构成本罪。因为且当防卫行为不仅不具有社会危害性，而且是对社会有益的行为。
(二)本罪与破坏交通工具罪的界限
本罪和破坏交通工具罪都是故意犯罪，并且都有可能危及飞行安全，但区别是明显的：
(1)犯罪对象不同。本罪的犯罪对象多为航空器上的人员，包括机组人员、乘客和其他任何人员;交通工具罪的犯罪对象为交通工具本身，如破坏航空器的发动机等。
(2)犯罪客观方面不同。本罪是对正在飞行中的航空器上的人员使用暴力;破坏交通工具罪在时间上为正在使用中的航空器，包括航空器停机待用的，且手段也不限于暴力。
在司法实践中，飞行安全是关系到国家航空安全的重大方面，对于犯罪分子通过暴力的行为来危及飞行安全的情况，是需要基于实际的违法事实后果来进行判决处理的，具体由法院在进行合法的界定后进行量刑判决处理。
