印花税应由总公司申报缴纳，可选择总公司或分公司所在地主管税务机关缴纳。分公司签订来的合同有效，分公司属于分支机构，在法律上经济上没有独立性，仅仅是源总公司的附属机构。一般取得营业执照的分公司可以独立百签署合同，不过一般合同方需要总公度司的授权或者是加盖总公司印章，得到总公司的追认。
《国家税务总局关于企业集团内部使用的有关凭证征收印花税问题的通来知》(国税函[2009]9号)规定,对于企业集团内具有平等法律地位的主体之间自愿订立、明确双方购销关系、据以供货源和结算、具有合同性质的凭证,应按规定征收印花税。知对于企业集团内部执行计划使用的、不具有合同性道质的凭证,不征收印花税。根据上述规定,分公司与分公司之间签订的具有合同性质的凭证,应当按规定缴纳印花税。
《公司法》
第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。 公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
