公司辞退员工办离职手续之后不可以扣工资，《中华人民共和国劳动法》第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《工资支付暂行规定》第十五条 用人单位不得克扣劳动者工资。 用人单位必须按照法定或劳动合同约定的标准，无条件地向员工发放全部工资，不得以任何形式、任何借口加以克扣。存在克扣的，属于违法行为。劳动者可以采取以下办法：
1、向劳动保障行政部门(劳动监察大队)投诉，由劳动监察大队责令限期支付，逾期不支付的，可以请求加付赔偿金，赔偿金标准：应付金额百分之五十以上百分之一百以下。
2、以未及时足额发放工资为由，向用人单位所在地或劳动合同履行地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，请求解除劳动关系并支付工资和经济补偿金。若仍想维持劳动关系的，可以只请求支付工资。
二、不能辞退员工的情形有哪些?
1、从事接触职业病危害作业的劳动者未进行离岗前职业健康检查，或者疑似职业病病人在诊断或者医学观察期间的;
2、在本单位患职业病或者因工负伤并被确认丧失或者部分丧失劳动能力的;
3、患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内的;
4、女职工在孕期、产期、哺乳期的;
5、在本单位连续工作满十五年，且距法定退休年龄不足五年的;
6、法律、行政法规规定的其他情形。
三、违法辞退职工的补偿标准
经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
被公司辞退的，离职手续的整个办理流程按照用人单位的规章制度处理即可。关键是对于公司扣工资的这种行为，其实也是不能一概而论的，因为有的时候可能是员工出卖了公司商业秘密才被辞退的，扣的工资可能还不够弥补给公司造成的损失
