1、土地性质不一样。回迁房是由政府统一来划分土地，土地性质是属于国有划拨土地;而小产权房未经过国家正规手续的审批，占用农村集体土地建设的房屋。
2、产权性质不一样。回迁房是有房产证，或是拆迁协议今后能办理房产证的，而小产权房是没有房产证，或者其房产证是乡政府颁发的，不受房管局认可的。
3、能否上市交易不一样。有房产证的回迁房是可以像商品房一样，在二手房市场交易的，而小产权房则不可以，交易有风险。
4、能否抵押贷款不一样。有房产证的回迁房还可以像商品房一样抵押贷款，而小产权房则不可以在银行抵押贷款。
回迁房能不能直接过户更名主要看回迁房是不是有房产证，有房产证的回迁房可以正常过户更名，没有房产证的回迁房则不可以更名。
二、回迁房更名过户流程
回迁房的过户更名手续流程和商品房实际上是一样的，并没有其他的区别。
1、回迁房房产证过户不经过房地产中介的话，须把合同的条款和违约条款写清楚，签合同时须卖方房产证上面名字的当事人在场(如果是已婚得话，需要夫妻双方在场及签字，哪怕房产证上面只有一个人的名字)。
2、回迁房过户所需的申请材料准备好后，到房产局填写一些表格和一个存量合同即可。注意存量合同上面的金额一定要和签订合同上面的金额一样，这个涉及到后面的缴税问题。
3、房产过户的申请材料都交给房产局后，房产局会给予一个回执单，按照回执单上面说明的日期去缴纳税金 ，一般需要十五个工作日左右。
4、房产过户税金缴纳完毕后便可拿到房产证。
需要明确的是，对于回迁房和小产权房一般都是不可以上市交易的，因为无法进行房产权的过户，但部分地区的回迁房可以允许在规定的期限届满后进行上市交易，这种情况下的回迁房与商品房并没有太大的区别，具体情况结合实际而定。
