1、转让条件较灵活。协议转让的受让方可以与转让方平等协商，在协议中自行确定转让价格、支付方式、支付时间等，而无须遵守价格优先、时间优先等证交所交易规则。
2、信息披露义务较轻。在竞价转让的情况下，如受让方持股比例增至5%或双方持股比例每变化5%以上，就必须停止股份转让并履行相应的信息披露义务，而协议转让通常只需要集中的信息披露。
3、转让成本较低。竞价转让的价格实际是按照股票的市价，而当大比例股份转让导致多次信息披露时，股票的市价通常会随之飚升，从而增加受让方的收购成本。
4、转让较易成功。竞价转让要求受让方全部以现金支付，而协议转让可采取证券、资产或其他财产权益置换股票的方式，有利于解决受让方现金不足的难题。
5、当股份转让涉及上市公司控制权变更时，竞价转让和协议转让实际是上市公司的敌意收购与友好收购，后者无疑有利于避免被收购公司管理层采取反收购行动，股份转让也更易成功。正因如此，上市股份的协议转让受到各方尤其是受让方的更多偏爱。
