不可以。仅有增值税发票不能作为已付款凭证或者说不能认定付款事实。因为在使用一般发票进行买卖交易的场合，通常情况下是在付款后再开具发票，或是开具发票行为与付款行为同时进行，发票在此种情况下可以作为付款凭证，证明已付款的事实。但在使用增值税发票进行交易的场合，这种专用发票具有证明销售方已尽纳税义务和购买方进项税额的作用，因而它就又具有了确定最终应付价款准确数额的作用，但并不能起到物权凭证的作用。所以，为了以增值税发票证明付款的事实，其仍需另外举证补强，以其他证据如进帐单、支票存根等付款凭证来作为已付款的依据，否则，增值税发票就不能作为已付款凭证。
