1、更新对象不同：
棚改对象为，全市范围内使用年限在20年以上、存在住房质量安全隐患、使用功能不齐全、配套设施不完善的老旧住宅区项目应当纳入棚户区改造政策适用范围，不再采用城市更新(旧改)的方式进行改造;
旧改对象为，旧住宅区申请拆除重建城市更新的，建筑物建成时间原则上应不少于20年，满足条件的旧商业区、旧工业区建筑物可放宽至15年的建成时间要求。
2、运作模式不同：
棚户区改造采用“政府主导 国企实施 人才住房”的模式，深圳罗湖“二线插花地”就属于棚户区改造;
旧改遵循“政府引导、市场运作、公众参与”的原则，深圳南山大冲村改造项目走的则是旧改模式;
但不管是棚改还是旧改，最终目的都是城市更新。
3、强制性不同：
棚改实施过程中，因涉及公共安全利益，对于少数不服从改造的，可以通过行政征收、行政处罚程序等强制执行;
旧改则完全遵循自愿原则，必须百分之百的业主同意方可拆除动工。
4、配建要求不同：
棚改除满足拆迁安置需要外，其余住房均配建为人才住房和保障型住房，且坚持以租为主，根据辖区人才住房和保障性住房的建设供应情况，确定租售比例，福田、罗湖、南山、盐田四区的棚改项目所建人才住房和保障性住房只租不售;
旧改则按规定比例配建，无全部配建保障房的要求，可建商品房。
5、改造程序不同：
棚改没有明确规定，现实情况是参照城市更新或者政府征收程序进行，棚改项目的确定、权利人信息公示、异议处理等内容并无章可循;
旧改则对程序有了明确的规定，包括意愿征集、城市更新单元规划审批、实施方案、搬迁补偿安置协议的签订、实施主体确认、预售及规划验收、回迁安置等等。
6、补偿安置方案不同：
棚户区改造搬迁补偿标准由政府制定并公示，不具有可协商性，棚改项目华富村的拆赔比是套内1：1 或建面1：1.18二选一;可以低价9000元/平的价格加购13平;可购的上限是25平，另外的12平可以当时市场价的九折购买。
政府部门为了提升城市的形象，可以按照规定的程序对旧房进行改造处理，但对于相关情况的处理上，必须按照法律规定的标准来进行认定，如果对相关情况的认定存在异议的，可以向土地管理部门或者规划部门进行咨询，并严格遵守相关规定和要求。
