单位犯罪的处罚犯罪分子刑罚的轻重，应当与其所犯罪行相适应。重罪重判，轻罪轻判，罪行相称，罚当其罪。单位犯罪也不例外，根据我国《刑法》的规定，对单位犯罪实行的是以两罚制为主，单罚制为辅的处罚原则。我国《刑法》对单位犯罪的处罚绝大多数是采取两罚制，也就是对单位处以罚金刑，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处以自由刑或罚金和没收财产。
对单位判处罚金的，采用的是无限额罚金，也就是对罚金的具体数额未加以明确规定。
对直接负责的主管人员和其他直接负责人员处以刑罚时，主要是以自由刑为主，当然也有适用罚金和没收财产的。在适用自由刑时，大部分与个人犯罪的刑罚相同，一部分低于个人犯罪的刑罚。
实行两罚制是对单位犯罪行为的综合性的全面处罚，能够反映出对单位犯罪的全面否定(既否定单位，又否定作出决策行为和实施行为的直接责任人员)，如果法律规定只实行单罚制，将不利于遏制单位犯罪。
